Dari sisi sejarah, Kabupaten Bogor merupakan salah satu wilayah yang menjadi pusat kerajaan tertua di Indonesia. Catatan Dinasti Sung di Cina dan prasasti yang ditemukan di Tempuran sungai Ciaruteun dengan sungai Cisadane, memperlihatkan bahwa setidaknya pada paruh awal abad ke 5 M di wilayah ini telah ada sebuah bentuk pemerintahan. Sejarah lama Dinasti Sung mencatat tahun 430, 433, 434, 437, dan 452 Kerajaan Holotan mengirimkan utusannya ke Cina. Sejarawan Prof. Dr Slamet Muljana dalam bukunya Dari Holotan ke Jayakarta menyimpulkan Holotan adalah transliterasi Cina dari kata Aruteun, dan kerajaan Aruteun adalah salah satu kerajaan Hindu tertua di Pulau Jawa. Prasasti Ciaruteun merupakan bukti sejarah perpindahan kekuasaan dari kerajaan Aruteun ke kerajaan Tarumanagara dibawah Raja Purnawarman, sekitar paruh akhir sabad ke-5.
Prasasti-prasasti lainnya peninggalan Purnawarman adalah prasasti Kebon Kopi di Kecamatan Cibungbulang, Prasasti Jambu di Bukit Koleangkak (Pasir Gintung, Kecamatan Leuwiliang), dan prasasti Lebak (di tengah sungai Cidanghiyang, Propinsi Banten). Pada abad ke 6 dan ke 7 Kerajaan Tarumanagara merupakan penguasa tunggal di wilayah Jawa Barat. Setelah Tarumanagara, pada abad-abad selanjutnya kerajaan terkenal yang pernah muncul di Tanah Pasundan (Jawa Barat) adalah Sunda, Pajajaran, Galuh, dan Kawali. Semuanya tak terlepas dari keberadaan wilayah Bogor dan sekitarnya. Sejarah awal mula berdirinya Kabupaten Bogor, ditetapkan tanggal 3 Juni yang diilhami dari tanggal pelantikan Raja Pajajaran yang terkenal yaitu Sri Baduga Maharaja yang dilaksanakan pada tanggal 3 Juni 1482 selama sembilan hari yang disebut dengan upacara “Kedabhakti”.
Nama Bogor menurut berbagai pendapat bahwa kata Bogor berasal dari kata “Buitenzorg” nama resmi dari Penjajah Belanda. Pendapat lain berasal dari kata “Bahai” yang berarti Sapi, yang kebetulan ada patung sapi di Kebun Raya Bogor. Sedangkan pendapat ketiga menyebutkan Bogor berasal dari kata “Bokor” yang berarti tunggul pohon enau (kawung). Dalam versi lain menyebutkan nama Bogor telah tampil dalam sebuah dokumen tanggal 7 April 1952, tertulis “Hoofd Van de Negorij Bogor” yang berarti kurang lebih Kepala Kampung Bogor, yang menurut informasi kemudian bahwa Kampung Bogor itu terletak di dalam lokasi Kebun Raya Bogor yang mulai dibangun pada tahun 1817. Asal mula adanya masyarakat Kabupaten Bogor, cikal bakalnya adalah dari penggabungan sembilan Kelompok Pemukiman oleh Gubernur Jendral Baron Van Inhof pada tahun 1745, sehingga menjadi kesatuan masyarakat yang berkembang menjadi besar di waktu kemudian. Kesatuan masyarakat itulah yang menjadi inti masyarakat Kabupaten Bogor.
Pusat Pemerintahan Bogor semula masih berada di wilayah Kota Bogor yaitu tepatnya di Panaragan, kemudian berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 1982, Ibu Kota Kabupaten Bogor dipindahkan dan ditetapkan di Cibinong. Sejak tahun 1990 pusat kegiatan pemerintahan menempati Kantor Pemerintahan di Cibinong.
